土地売却したら税金はいつ払う？計算方法と確定申告時の控除まとめ

土地を売却したときにかかる税金と支払うタイミングはいつ？

土地を売却したときにかかる税金には、以下のようなものがあります。

税金の種類	税金の内容	支払うタイミング
印紙税	売買契約書を作成した場合に課される国税。記載された金額に応じた収入印紙を貼付する	売買契約成立時
所得税	不動産を売却し、譲渡所得（利益）が出た場合にかかる所得税	原則として 売却した翌年の 2月16日～3月15日
復興特別所得税	東日本大震災の復興財源確保のための税金で、所得税額に2.1％が上乗せされる。2037年までの特別措置	原則として 売却した翌年の 2月16日～3月15日
登録免許税	登記内容を変更する際、国に払う税金。売主は抵当権抹消の登記費用を負担する	引き渡し時
住民税	不動産を売却し、譲渡所得（利益）が出た場合にかかる住民税	売却の翌年の6月以降

それぞれどのような税金なのか、またその税金を支払うタイミングについて説明していきます。

印紙税：売買契約の時

印紙税は、印紙税法という法律で定められている課税文書にかかる税金です。

土地を売却すると、通常は契約書を作成するでしょうから、利益が出ても出なくても必ず印紙税がかかることになります。

印紙税は土地を売却した場合に売買契約書に書かれた金額に応じた収入印紙を貼付することで納税します。そのため、契約が成立したときに支払うことになります。

なお、平成26年4月1日から令和4年3月31日までに作成される「不動産譲渡契約書」については、契約書に記載された金額が10万円を超えるものから、印紙税の税率が軽減されます。軽減後の税額は下記の通りです。（抜粋）

記載された契約金額	印紙税（原則）	軽減後の印紙税	軽減割合
10万円を超え 50万円以下のもの	400円	200円	50％減
50万円を超え 100万円以下のもの	1千円	500円	50％減
100万円を超え 500万円以下のもの	2千円	1千円	50％減
500万円を超え 1,000万円以下のもの	1万円	5千円	50％減
1,000万円を超え 5,000万円以下のもの	2万円	1万円	50％減
5,000万円を超え 1億円以下のもの	6万円	3万円	50%減

譲渡所得税：原則として売却した翌年の2月16日～3月15日

譲渡所得税は、土地を売却して利益（譲渡所得）が出た場合に、譲渡所得に対して課税される税金です。

所得税（譲渡所得税）、住民税、復興特別所得税の３つがあります。

譲渡所得に課税される税金をひとまとめに「譲渡所得税」と呼ぶこともあります。

このうち復興特別所得税は、2011年に起きた東日本大震災からの復興に必要な財源を確保することを目的とした税金で、2013年1月1日から2037年12月31日まで、譲渡所得税額の2.1％分が課税されます。

譲渡所得税と復興特別所得税については、原則として土地を売却した翌年の2月16日～3月15日に納めることが必要です。

なお、譲渡所得にかかる税金は「分離課税」として、給与所得や事業所得などとは切り離して計算し、確定申告して税金を払う必要があります。

所得税や復興特別税、住民税は、会社で年末調整をして、給料から天引きされて支払っている人でも、土地を売却して利益が出た場合には確定申告と納税が必要です。

登録免許税：引き渡し時

「登録免許税」は、土地の売却によって、所有権の移転に伴う不動産登記を行う際に支払うことになる税金です。

住宅ローンなどを利用して不動産を購入した場合には、金融機関による抵当権が設定されます。しかし、不動産を売却する際には、誰のものでもなく、何の権利も設定されていない状態の不動産を買い主に引き渡す義務があるため、売主の負担と責任で抵当権抹消登記を行うことが必要です。

また、登記簿上の所有者の住所と現在の所有者の住所が異なる場合には住所変更登記、登記簿上の所有者の氏名と現在の所有者の氏名が異なる場合には氏名変更登記が必要です。これも売主の負担で行います。

土地売却による土地の所有権の移転登記にかかる登録免許税は、固定資産評価額　×　20/1000ですが、令和3年3月31日までに登記を受ける場合には、軽減税率が適用され固定資産評価額　×　15/1000となります。

売却時にかかる税金のシミュレーションしてみよう

土地を売却した場合には、どのくらいの税金がかかるのでしょうか。ケース別に税金額をシミュレーションしてみました。

ケース（１）1000万円控除を受ける場合

▼譲渡の内容

譲渡価額	5,000万円
譲渡費用(仲介手数料等)	300万円
譲渡日	令和2年3月25日

▼取得時の内容

取得価格	4,000万円
取得日	平成21年2月1日

＜平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1,000万円の特別控除＞

平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間に国内にある土地等を取得、平成21年に取得した土地等は平成27年以降、平成22年に取得した土地等は平成28年以降（＝譲渡した年の1月1日において所有期間が5年を超えるもの）に譲渡した場合には、譲渡所得の金額から1,000万円が控除されます。

上記の特別控除の適用により、譲渡所得はゼロとなり、譲渡所得税額もゼロとなります。

ケース（２）居住用家屋の敷地のみを譲渡した場合

「居住用財産の3,000万円特別控除の特例」は、居住用家屋とともに譲渡される、その家屋の敷地に限って適用対象とされており、その際、譲渡所得から3,000万円までを控除できるというものです。

そのため、土地の売却では原則として適用されませんが、次の要件を満たす場合には、例外的に適用が認められています(所有期間などの要件を満たすことも必要です)。

上の要件を満たす場合には、「居住用財産の3,000万円特別控除の特例」の適用を受けることができます。

ここでは、上記の要件に当てはまると仮定し、譲渡所得は以下のように計算されます。

居住用財産の3000万円控除の特例を適用し、譲渡所得はゼロとなり、譲渡所得税額もゼロとなります。

上記の要件に当てはまらない場合の土地には、3,000万円特別控除は受けられない点には注意しておきたいところです。

ケース（３）相続した土地を売却した場合

▼相続税の申告内容

相続により取得した財産	1億円（うち土地の価格3,000万円）
納付した相続税額	800万円

▼譲渡の内容

譲渡価格	5,000万円
取得費（購入価格不明のため譲渡価格の5%)	250万円
譲渡費用（仲介手数料等）	100万円

<譲渡所得の計算>

相続開始の日の翌日から、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡した場合、取得費に一定の相続税額を加算して譲渡所得の計算を行うことができます。

その際、取得費に加算する相続税額は、次の算式によって計算します。

【注意】相続により取得した財産の取得時期は、被相続人がその財産を取得した時期となります（被相続人の取得日が引き継がれます）。なお、この事例では、所有期間が10年超の長期譲渡所得に該当するものとして計算しています。

土地売却で利益が出たらさらにかかる？「譲渡所得税」とは

①－2でも触れましたが、不動産を売却して発生した利益のことを「譲渡所得」と呼び、この譲渡所得に対して「譲渡所得税」がかかります。

詳細は、「不動産売却にかかる税金」をご覧ください。

譲渡所得税とは何？

土地を購入した価格よりも高い金額で売却し、利益（譲渡所得）が出た場合にかかる税金のことを「譲渡所得税」と呼びます。

譲渡所得税は、分離課税として給与所得や事業所得などの所得とは分けて計算し、確定申告をする必要があります。譲渡所得が出ない場合には、譲渡所得税も課税されません。

どうやって計算するの？

譲渡所得税は、譲渡所得に税率を掛けて計算します。

土地を売却して得た利益（譲渡所得）を求める計算式は以下の通りです。

1～3は、以下の通りです。

1. 譲渡価格…土地の売却価格
2. 取得費…土地を購入した時の金額
3. 譲渡費用…土地の売却にかかった費用、仲介手数料など

譲渡所得の詳しい計算方法などについては、「不動産売却にかかる税金」をお読みください。

譲渡所得税を計算する際の注意点

前述の通り、土地売却の譲渡所得税は、譲渡所得に税率を掛けて計算します。

その際、いくつか注意すべき点があります。知らないと損をする可能性もあるので、しっかりおさえておきましょう。

１　土地の所有期間で税率が変わる

土地の譲渡所得税を計算する際に掛ける税率は、所有期間が「5年以下か、5年超か」で異なります。

▼譲渡所得の税率

区分	所有期間	税率
短期譲渡所得	5年以下	39.63% （所得税・復興特別所得税：30.63％、住民税：9％）
長期譲渡所得	5年超	20.315% （所得税・復興特別所得税：15.315％、住民税：5％）

なお、所有期間は、実際に所有していた期間ではなく、売却した年の1月1日時点を判断の基準とするので注意が必要です。

仮に、譲渡価格（売却価格）が2,500万円、取得費が1,000万円、譲渡費用が300万円だったとしましょう。

この場合、譲渡所得は

　2,500万円　―　（1,000万円　＋　300万円）　＝　1,200万円　と計算されます。

ここからもわかるように、土地の売却を検討している場合、あと少しで所有期間が5年を超えるのであれば、ちょっと待ってから売却することで税金をかなり押さえることができるかもしれません。

その場合も、判断の基準が売却した年の1月1日の時点であることをお忘れなく。

２　翌年に必ず確定申告をしよう

譲渡所得が出た場合には、確定申告をして税金を支払う義務があります。確定申告をしないと、税務署からお尋ねが来るだけでなく、損をしてしまう場合もあります。

詳細は、「不動産売却　確定申告」の記事にも記載しておりますので、事前によく確認しておきましょう。

土地売却の税金は減らせる？　税金の控除

土地を売却して利益が出た場合、譲渡所得税という大きな負担が発生します。

とはいえ、控除や特例など、利用することで節税できるコツもあります。

知らずに損をしないためにも、しっかりおさえておきましょう。

住んでいた土地の場合の3,000万円特別控除

マイホームを売却した場合には、譲渡所得から最高3,000万円までを控除できる特例（居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例）があります。

この特例は、住んでいた建物を取り壊して土地だけを売る場合でも適用できます。

ただし、特例を受けるには、次の2つの要件を満たすことが必要です。

特例を受ける要件などについては、国税庁のWebサイトで確認してください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm

特定期間に得た土地売却の1,000万円特別控除

平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間に取得した国内にある土地等を、平成21年に取得した土地等は平成27年以降、平成22年に取得した土地等は平成28年以降に譲渡した場合には、譲渡所得の金額から1,000万円が控除されます。

この特別控除を受けるには、下記の要件を満たす必要ことが必要です。

特例を受けるには、土地を売却した翌年に確定申告する必要があります。手続きなどについては、国税庁のWebサイトで確認してください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3225.htm

その他の特定の要件別の控除一例

・10年超所有の軽減税率の特例

所有期間が10年を超えるマイホームを売却した場合には、長期譲渡所得の税額よりも低い軽減税率を適用することができる特例があります。

この特例では、譲渡所得6000万円以下の部分は税率が14.21％（所得税・復興特別所得税：10.21％、住民税：4％）となります。6000万円を超える部分は、長期譲渡所得と同じで税率は20.315％（所得税・復興特別所得税：15.315％、住民税：5％）です。

ただし、適用を受けるには以下の要件を満たさなければなりません。

また、これらの家屋が災害によって滅失した場合には、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までにその敷地を売る必要があります。

なお、住まなくなった家屋を取り壊して土地を売る場合には、次の3つの要件の全部に当てはまることが必要です。

詳しいことは、国税庁のWebサイトで確認してください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3305.htm

この10年超所有の軽減税率の特例は、3,000万円の特別控除とも併用することができ、大きな節税効果が期待できます。

要件をしっかり理解して、上手に活用したいものですね。

相続した土地を売却したときの税金はどうなる？

相続した土地を売却する場合には、相続した土地ならではの注意点や、利用できる制度などがあります。

相続した土地は、取得時に受けた特例を確認

相続で土地を受け継いだものの、すでにマイホームがあるなどの理由で売却したい場合は少なくないでしょう。

売却する場合には、その土地を取得した際に何らかの特例を受けていないかどうかを確認することが重要です。

なぜなら、その土地を収用交換などで譲渡し、補償金などの交付を受け、その補償金で代替資産を取得した場合や、補償金の代わりに土地の交付を受けた場合には、課税の繰延の特例や特別控除の特例を受けている可能性があるからです。

課税の繰延を受けた場合、その土地を売却する際に繰延べられた税金を支払う必要があります。

それを知らずに、売却した場合、税金を過少申告したものとして、延滞税などがかかる可能性もあります。

土地を相続する可能性がある場合には、予め父母など名義人に、その土地が先祖伝来のものなのか、どのように得たものなのかなどを確認しておくといいでしょう。

誰も知らない場合には、税務署で過去の確定申告書を閲覧するなどして、その土地の取得費や課税繰延の有無などを確認しましょう。

課税繰延の有無や特例を利用しているかどうかが不明な場合には、税理士などに相談するといいかもしれません。

３年以内の売却で「取得費加算の特例」が適用できる

相続した土地を一定期間内に売却した場合には、相続税額のうち一定金額を譲渡資産（売却した土地）の取得費に加算することができます。

ただし、この特例を受けるには、次の要件が必要です。

取得費に加算する相続税額は、下記の算式で計算した金額になります。

この特例を受けるには、確定申告が必要です。

取得費を明確にする事で節税できる

前述の通り、土地の譲渡所得は以下の計算式で計算されます。

ここからもわかるように、取得費がいくらであるかによって譲渡所得の金額が大きく変わってきます。

・取得費の計算方法（資料などがある場合）

取得費は、売却を検討している土地を買ったときにかかった金額です。

購入代金や土地の測量費や整地費、整備費、仲介手数料、購入時にかかった税金（登録免許税、不動産取得税、印紙税など）などが該当します。

この金額は、売買契約書や、土地を購入した際に不動産会社から渡されるファイルにまとめられている領収書類などを見ればわかるでしょう。

資料を見ながら買った時にかかった金額を足し算して計算します。

・取得費の計算方法（資料などがない場合）

前述のように、土地を買ったときの金額は、売買契約書を見ればわかります。

ですが、先祖伝来の土地建物や親から譲り受けたなどの理由で取得費がわからない場合には、売った金額の5％相当額を取得費とすることができます。

なお、取得費は、手元にある資料から購入当時の価格を推定する方法も認められています。わからない場合には、税理士などに相談するのがいいかもしれません。

土地売却の税金に関するQA

取得費が不明な場合はどうすればいいの？

先祖伝来の土地などの理由で取得費がわからない場合には、売った金額の5％相当額を取得費とすることができます。

仮に、土地の売却価格が2000万円だった場合には、売った金額の5％相当額である100万円が取得費とされます。

なお、相続や贈与によって取得した土地の場合には、被相続人や贈与者が取得した時期が引き継がれます。

例えば、父親が買った土地を相続したり、贈与されたりした場合には、父親が買った金額が取得費となるのです。

相続した土地を売る場合には、被相続人（上記の例では父親）が土地を取得した時から、売った年の1月1日までの所有期間で、短期譲渡所得か、長期譲渡所得かを判定することになります。

土地を贈与すると贈与税が掛かるの？

親などから土地を贈与された場合には、贈与税がかかります。

贈与税の課税方法には、「暦年課税贈与」と「相続時精算課税贈与」があり、贈与者ごとに課税方法を選択することができます。

「暦年課税贈与」の場合、税金額を計算するには、その年の1月1日から12月31日までに贈与でもらった財産の価額を合計し、そこから基礎控除額110万円を差し引き、残りの金額に税率を掛けて計算します。

税率は、基礎控除後の課税価額によって異なってきます。

「相続時精算課税贈与」は、父母や祖父母などから子や孫への生前贈与に利用できる制度です。

この制度には2,500万円の特別控除があり、限度額に達するまで何度でも控除できます。つまり、2,500万円までの贈与には、贈与税がかからないことになるのです。

2,500万円を超えた部分については、一律20％の贈与税がかかります。

なお、この制度を利用すると「暦年課税贈与」は使えません。また、一度選択すると取り消すこともできないので利用する前には、しっかり検討しましょう。

暦年課税贈与や相続時精算課税贈与については、国税庁のWebサイトに詳しい説明が掲載されています。

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/koho/kurashi/html/05_3.htm

なお、被相続人の相続開始3年以内（被相続人が死亡した日から3年前の日以降）に被相続人から贈与された財産は、贈与税がかかっていたかどうかに関係なく、また、基礎控除額110万円以下であっても相続税の課税価額に加算されます。

【まとめ】まよったら税理士に相談しよう

土地の売却にかかる税金は、特別控除などが使えるかどうかの判断が難しい場合も少なくありません。

控除が使えるのに使わずにいて損をしたり、自分が知らない課税の繰延があって延滞税がかかるなどのケースもありえます。

わからないときや、迷った時には自己判断せず、最寄りの税務署や税理士に相談するのがいいかもしれません。